Refractaire coeliakie is een erg zeldzame vorm van coeliakie. Het komt vooral voor bij mensen boven de 50 jaar, bij wie net coeliakie is ontdekt. Deze vorm van coeliakie is ernstig, iemand reageert nauwelijks of zelfs helemaal niet meer op een glutenvrij dieet omdat de beschadigingen aan de darmwand al te lang bestaan, deze kunnen niet meer herstellen. De (buik)klachten blijven of kunnen zelfs verergeren.
Bij sommige patiënten met refractaire coeliakie kan dunne darmkanker ontstaan. Daarom wordt deze patiënten aangeraden om zich regelmatig door een Maag Darm Lever-arts (MDL-arts) te laten onderzoeken.